Acomodo de cadenas en el plano

Para ciertas aplicaciónes de biología, es buena tener en un solo vistazo los datos de frecuencia de aparición de ciertas subcadenas en un genoma. Si tomamos cadenas de longitud n del alfabeto {A,G,C,T}, tenemos en total 4^n de ellas. Por ser esta cantidad tan grande, una lista no es suficiente y una visualización en la que cadenas cercanas (en distancia de hamming) aprezcan cercanas se hace deseable.

En general es imposible hacer un mapeo de este espacio de cadenas al plano que preserve las relaciones de distancia.

Lo que se propone es un modelo basado en agentes en donde cada cadena sea un agente que mueve en un plano. Cada agente trata de ubicarse en un lugar donde esté rodeado de agentes que representen cadenas similares a él en distancia de hammning.

Se propone que cada agente sea un caminante de Levy que recorra el espacio y cambie su ubicación solo si mejora el acomodo. La idea es contrastar estos resultados con otros métodos propuestos de visualización de secuencias.