Plegamiento de proteinas en Netlogo (Daniel)

Este trabajo tratará de observar si el plegamiento de proteínas es equivalente a la dinámica de un sistema adaptativo y auto-organizante. Una proteína puede plegarse de muchas maneras, sin embargo, dependiendo de ciertas condiciones de su entorno (¿adaptación?), y de los elementos que formen la cadena polimérica (¿auto-organización?), en general, solo lo hace de una forma especifica (¿auto-organización).

Existe un modelo para el plegado (HP), en el que se ve a la proteína como una cadena de círculos tipo H o tipo P, en una malla bidimensional, sobre la que se va ligando la cadena de forma local, tomando solo configuraciones de mínima energía. Dicha energía se mide por el número de enlaces H-H entre elementos no consecutivos de la cadena. Se usará éstos como parámetros de satisfacción y de fricción para cada agente (base) de la cadena. El programa será escrito en NETLOGO.