Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

• mx.unam.iimas.griffin.bdd,
• mx.unam.iimas.griffin.graph,
• mx.unam.iimas.griffin.grn,
• mx.unam.iimas.griffin.grn.code,
• mx.unam.iimas.griffin.grn.code.analysis,
• mx.unam.iimas.griffin.grn.experiment,
• mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer,
• mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.attractor,
• mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io,
• mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.topology,
• mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.util,
• mx.unam.iimas.griffin.grn.models,
• mx.unam.iimas.griffin.grn.models.epistasis,
• mx.unam.iimas.griffin.grn.util,
• mx.unam.iimas.griffin.logic,
• mx.unam.iimas.griffin.logic.implicants,
• mx.unam.iimas.griffin.logic.implicants.util,
• mx.unam.iimas.griffin.logic.parser,
• mx.unam.iimas.griffin.logic.util,
• mx.unam.iimas.griffin.math,
• mx.unam.iimas.griffin.sat,
• mx.unam.iimas.griffin.util

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • mx.unam.iimas.griffin.logic.implicants.AdjacencyTable
  • mx.unam.iimas.griffin.sat.AllSAT4j
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.AssignmentStatement
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.AssignmentValue
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.BooleanNetworkStateSetValue
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.GeneInteractionListValue
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.GeneListValue
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.GeneRegulationListValue
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.InputOutputPairsValue
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.MutantExperimentSetValue
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.TrajectoriesValue
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.TypeGeneList
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.UpdateRulesValue
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.AttractorSetExplorer
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.attractor.AttractorSetIterator (implements java.util.Iterator<E>)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.attractor.AttractorUtil
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.Basins
  • mx.unam.iimas.griffin.bdd.BDDModule
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.util.BDDBooleanNetworkModule
  • mx.unam.iimas.griffin.logic.BinaryFormula (implements mx.unam.iimas.griffin.logic.BinaryOperation, mx.unam.iimas.griffin.logic.Formula)
    • mx.unam.iimas.griffin.logic.And
    • mx.unam.iimas.griffin.logic.Equality
    • mx.unam.iimas.griffin.logic.Implication
    • mx.unam.iimas.griffin.logic.Or
  • mx.unam.iimas.griffin.logic.BooleanConstant (implements mx.unam.iimas.griffin.logic.Formula)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.BooleanGeneRegulatoryNetwork
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.ArabidopsisThalianaFlowerDevelopment
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaBMC2010Reference (implements mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel)
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel01 (implements mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel)
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel02 (implements mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel)
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel03 (implements mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel)
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel04 (implements mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel)
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel05 (implements mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel)
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel06 (implements mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel)
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel07 (implements mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel)
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel08 (implements mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel)
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel09 (implements mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel)
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel10 (implements mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.BooleanGeneRegulatoryNetworkInfo
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.BooleanNetworkState (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.PartialBooleanNetworkState
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.BooleanNetworkStateTrajectory (implements java.lang.Comparable<T>)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.BooleanNetworkTruthTableFileParser
  • mx.unam.iimas.griffin.math.Combinations (implements java.util.Iterator<E>)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.CrossDistance
  • mx.unam.iimas.griffin.sat.DefaultModelBlocker (implements mx.unam.iimas.griffin.sat.ClauseBlocker)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.DetailedNetworkWriter
  • mx.unam.iimas.griffin.graph.DirectedHypergraph<T>
    • mx.unam.iimas.griffin.logic.implicants.PrimeImplicantGraph
  • mx.unam.iimas.griffin.graph.DirectedHypergraph.DirectedHyperEdge
  • mx.unam.iimas.griffin.graph.DirectedHypergraph.Vertex
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.util.DubrovaAttractors
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.EncoderUtil
  • mx.unam.iimas.griffin.math.Factorial
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.util.FileReader
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.FileRegExp
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.FileUtil
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.FixedPointAttractorEncoder
  • mx.unam.iimas.griffin.logic.util.FormulaEvaluator
  • mx.unam.iimas.griffin.logic.util.FormulaUtil
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.Gene (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.GeneInteraction (implements java.lang.Comparable<T>, mx.unam.iimas.griffin.grn.Dependency<T>, java.io.Serializable)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.GeneInteractionEncoder
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.GeneInteractionQueryEncoder
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.util.GeneOrder
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.GeneralizedInteractionEncoder
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.GeneRegulation (implements java.lang.Comparable<T>, mx.unam.iimas.griffin.grn.Dependency<T>, java.io.Serializable)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.util.GeneRegulationChecker
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.GeneRegulationDeterministicDecoder (implements mx.unam.iimas.griffin.grn.code.GeneRegulationDecoder)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.GeneRegulationDeterministicEncoder (implements mx.unam.iimas.griffin.grn.code.GeneRegulationEncoder)
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.ExactRegulationDeterministicEncoder
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.ExtendedRegulationDeterministicEncoder
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.GeneRegulationFileParser
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.GeneRegulationQueryEncoder
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.GeneRegulationSpecification
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.ArabidopsisThalianaFlowerDevelopmentSpecification
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.Ejemplo3Genes
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.RootStemCellNiche
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.RootStemCellNicheRevised
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.GeneState (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.util.GeneUtil
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.Griffin
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.GriffinBackup
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.HierarchicalModelWriter
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.InputOutputEncoder
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.InputOutputStatePair (implements java.lang.Comparable<T>)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.topology.InteractionClassifier
  • mx.unam.iimas.griffin.logic.Interpretation
  • mx.unam.iimas.griffin.logic.util.InterpretationUtil
  • mx.unam.iimas.griffin.math.Interval<T>
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.analysis.KlarnerDecoder
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.analysis.KlarnerEncoder
  • mx.unam.iimas.griffin.logic.Literal (implements java.lang.Comparable<T>)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.util.Metrics
  • mx.unam.iimas.griffin.logic.implicants.MintermMatching
  • mx.unam.iimas.griffin.logic.implicants.MintermTable
  • mx.unam.iimas.griffin.logic.implicants.util.MintermUtil
  • mx.unam.iimas.griffin.util.ModelDecoder
  • mx.unam.iimas.griffin.sat.ModelIterator (implements mx.unam.iimas.griffin.sat.AllSATSolver)
  • mx.unam.iimas.griffin.util.ModelPrinter
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.epistasis.Motif (implements mx.unam.iimas.griffin.grn.models.epistasis.Epistasis)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.MutantExperiment (implements java.lang.Comparable<T>)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.MutantExperimentEncoder
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.util.NonDominanceTrapSetGraph
  • mx.unam.iimas.griffin.logic.Not (implements mx.unam.iimas.griffin.logic.Formula, mx.unam.iimas.griffin.logic.UnaryOperation)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.OutputFileParser
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.Parameters
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.ParserHelper
  • mx.unam.iimas.griffin.logic.implicants.PrimeImplicant
  • mx.unam.iimas.griffin.sat.PropositionalModel
  • mx.unam.iimas.griffin.bdd.QueryableAssignment
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.RegulationFormulaPair
  • mx.unam.iimas.griffin.logic.parser.SimpleBooleanExpressionParser (implements mx.unam.iimas.griffin.logic.parser.BooleanExpressionParser)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.SpecificationFileReader
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.StableStatesFormulaPair
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.StateTrajectoryEncoder
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.StateTransitionRule (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.StateTransitionRuleEncoder
  • mx.unam.iimas.griffin.util.StateUtil
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.util.SteadyStateAnalyzer
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.util.AsynchronousSteadyStateAnalyzer
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.util.SynchronousSteadyStateAnalyzer
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.topology.StructureBlocker (implements mx.unam.iimas.griffin.sat.ClauseBlocker)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.topology.StructureIterator (implements java.util.Iterator<E>)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.SubspaceEncoder
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.SynchronousAttractorBasin (implements java.lang.Comparable<T>)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.util.ThieffryStableStates
  • java.lang.Throwable (implements java.io.Serializable)
    • java.lang.Exception
      • java.lang.RuntimeException
        • mx.unam.iimas.griffin.logic.parser.ParseException
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.topology.TopologyIterator (implements java.util.Iterator<E>)
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.topology.IncrementalDistanceIterator
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.topology.RadialTopologyIterator
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.topology.SequentialTopologyIterator
      • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.topology.LimitedTopologyIterator
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.util.TopologyUtil
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.topology.TopologyUtil
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.util.TransitionRelation
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.util.AsynchronousTransitionRelation
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.util.SynchronousTransitionRelation
  • mx.unam.iimas.griffin.logic.implicants.TruthTable
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.util.TruthTableParser
  • mx.unam.iimas.griffin.sat.TseitinCNFConverter (implements mx.unam.iimas.griffin.sat.CNFConverter)
  • mx.unam.iimas.griffin.logic.Variable (implements java.lang.Comparable<T>, mx.unam.iimas.griffin.logic.Formula)
  • mx.unam.iimas.griffin.grn.experiment.WeinsteinTopologyExplorationAmbiguityAllowed

Interface Hierarchy

• mx.unam.iimas.griffin.grn.models.AzpeitiaModel
• mx.unam.iimas.griffin.logic.BinaryOperation
• mx.unam.iimas.griffin.logic.parser.BooleanExpressionParser
• mx.unam.iimas.griffin.sat.ClauseBlocker
• mx.unam.iimas.griffin.sat.CNFConverter
• mx.unam.iimas.griffin.grn.Dependency<T>
• mx.unam.iimas.griffin.grn.models.epistasis.Epistasis
• mx.unam.iimas.griffin.logic.Formula
• mx.unam.iimas.griffin.grn.code.GeneRegulationDecoder
• mx.unam.iimas.griffin.grn.code.GeneRegulationEncoder
• java.util.Iterator<E>
  • mx.unam.iimas.griffin.sat.AllSATSolver
• mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.topology.TopologyIteratorFilter
• mx.unam.iimas.griffin.logic.UnaryOperation

Enum Hierarchy

• java.lang.Object
  • java.lang.Enum<E> (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
    • mx.unam.iimas.griffin.logic.Operator
    • mx.unam.iimas.griffin.logic.Literal.Type
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.GeneRegulation.Type
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.GeneInteractionType
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.io.AssignmentType
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.GeneRegulationDeterministicEncoder.HypotheticalRegulationPolicy
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.code.GeneRegulationDeterministicEncoder.StableStatesPolicy
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.epistasis.InputVariant
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.epistasis.MotifVariant
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.models.epistasis.TopologyVariant
    • mx.unam.iimas.griffin.grn.explorer.topology.TopologyIteratorType